Dependiendo de la cantidad de hojas que tengan tus plantas, es normal que las que estén mas abajo, casi en contacto con el piso, tengan eso, que son hongos. Pero no hay de qué preocuparse, si el resto de la planta sigue normal, y ves que puedes hacerlo, debes podar esas hojas dañadas.
Si le dan 9 horas de sol estás rebien, no habrá problema. Intenta, como tú mismo dices, no pasarte a la hora de regar, obviamente no mojar las hojas, e incluso si es posible no mojes el tallo.
Dependiendo de la altura que tengan ahora, se recomienda podar las hojas hasta la primera flor, el primer tomate, aprox 30 cm por encima del piso.
Saludos