¡Hola Óscar!
Puedes estar tranquilo, sobre todo si están sanos y creciendo bien, como comentas. Durante los primeros años, lo ideal es dejarlos crecer libremente, porque esa energía la están usando para formar un buen sistema de raíces y una estructura fuerte.
Solo conviene podarlos si tienen ramas débiles, secas o mal orientadas, si se están descompensando mucho hacia un lado, o si quieres empezar a darles forma para que no se hagan demasiado altos o desordenados en la maceta. Si decides hacerlo, es mejor hacerlo de forma muy ligera y siempre a finales de invierno o comienzos de primavera, cortando por encima de una yema orientada hacia fuera y evitando podas drásticas.
Ten en cuenta que, al venir de semilla, tardarán varios años en dar fruto y, a veces, el fruto no es idéntico al limón original. Así que ahora lo más importante es que sigan creciendo fuertes y sanos.
Un saludo.